Rafael Márquez fue borrado de la lista negra del Departamento del Tesoro de Estados Unidos.
El 9 de agosto de 2017, la Oficina de Control de Bienes de Extranjeros (OFAC, por sus siglas en inglés) dio a conocer que en su lista además del ex futbolista estaban Julión Álvarez, junto a otros 20 presuntos prestanombres de una red que estaría dirigida por el narcotraficante Raúl Flores, quien se movilizaba en Jalisco y en la Ciudad de México.
La consecuencia fue que a Márquez le cancelaron la visa, además de congelar sus cuentas y propiedades en Estados Unidos, además de que se le prohibió a toda empresa estadounidense negociar o realizar transacciones con Márquez y el resto de los personajes incluidos en la lista junto con 9 compañías señaladas, como la Escuela de Futbol Rafa Márquez AC que se habría utilizado para lavar dinero del narcotráfico.
La OFAC también consignaba en su lista a Mauricio Heredia y Marco Antonio Fregoso, por desempeñar acciones a nombre del entonces jugador profesional.
El Departamento del Tesoro también incluía a 4 propiedades, de las cuales 2 estaban ubicadas Jalisco, otras en Guanajuato y Ciudad de México.
Aquel 9 de agosto, Márquez acudió de manera voluntaria a declarar a la Fiscalía de Jalisco, y por la tarde ofreció una conferencia de prensa en la cancha Alfredo «Pistache» Torres, en la que negó las acusaciones en su contra y se comprometió a colaborar con las autoridades correspondientes.
«El día de hoy (9 de agosto de 2017), diversos medios de comunicación señalaron que soy objeto de una investigación por parte del Departamento del Tesoro de los Estados Unidos, por supuestos hechos relacionados a una organización criminal, ante ello, niego categóricamente cualquier tipo de relación con la organización y con los hechos referidos en las diversas notas periodísticas. dijo con un semblante desencajado.
En aquel entonces, Márquez jugaba su última etapa como futbolista profesional en el Atlas, y mientras se esclarecía su situación dejó los entrenamientos para reaparecer el 18 de septiembre, pero sin fecha definida para volver a la cancha. Fue el 25 de octubre de 2017 cuando la OFAC le informó que podría volver a sus actividades deportivas, por lo que jugó el Clásico Tapatío ante las Chivas en la Copa MX.
Márquez ya había obtenido un Amparo definitivo para sus empresas de rehabilitación y de medicina deportiva bloqueadas.
El «Káiser» se retiró con el Atlas en el Clausura 2018, y se le permitió jugar el Mundial de Rusia 2018 para disputar así su quinta Copa del Mundo. Sin embargo, como aún estaba incluido en la lista negra del Departamento del Tesoro de Estados Unidos, acudió con varias restricciones como no beber de las mismas botellas de agua con publicidad de las que toman sus compañeros seleccionados, no portar el mismo uniforme durante los entrenamientos, ni tampoco aparecer frente a los logos de los patrocinadores.
Debido al cierre del Centro Infantil Rafa Márquez en Tonalá, 250 niños quedaron sin el servicio de dicha escuela.
