Aunque desde el 2017 se ordenó la aprehensión de los dos líderes máximos de Los Zetas, por la masacre de Allende, la Fiscalía de Coahuila no ha realizado el mandato judicial por este caso a pesar de que están en prisión desde hace más de cinco años.
El Juez Segundo de Primera Instancia en Materia Penal del Distrito Judicial de Río Grande, en Coahuila, giró el 22 de septiembre de 2017 la orden de captura en contra de los hermanos Miguel y Omar Treviño Morales, conocidos como «El Z-40» y «El Z-42».
En la investigación judicializada, la Fiscalía de Coahuila acusa a los Treviño de secuestro agravado, al plagiar, asesinar y desaparecer a 23 personas, el 18 de marzo de 2011, en Allende.
Miguel Treviño fue detenido en 2013 en el municipio de Anáhuac, Nuevo León; dos años después, fue capturado Omar en San Pedro Garza García. Ambos están presos en el penal del Altiplano.
A casi una década de la matanza, los dos principales acusados de ser los autores intelectuales siguen sin enfrentar a la justicia de Coahuila.
Sin embargo, no ha sido así con otros acusados, como el ex Alcalde de Allende, Sergio Alonso Lozano, quien fue detenido en noviembre de 2016 como probable responsable de la masacre.
Desde 2018, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) emitió una recomendación en la que concluye que 38 personas, incluidos tres menores, fueron víctimas de desaparición forzada por parte de Los Zetas en Allende, con autorización o apoyo de la Secretaría de Seguridad Pública municipal.
Acusó también a policías municipales de la detención arbitraria de 34 personas y la privación de la libertad a cinco menores.
En la recomendación, anticipó que presentaría una denuncia ante la entonces Procuraduría General de la República (PGR), así como una queja ante la Contraloría Interna del Ayuntamiento contra los agentes de la Secretaría de Seguridad Pública local.
Una versión publicada en junio de 2017 por Ginger Thompson en Propublica señaló que la Agencia Antidrogas de Estados Unidos (DEA, por sus siglas en inglés) compartió información sobre los Zetas a la Policía Federal y que terminó en las manos de los hermanos Treviño Morales y a la postre ocasionó la masacre de Allende.
Eran los números de identificación rastreables de los celulares que pertenecían a Miguel Ángel Treviño y su hermano Omar.
Citando fuentes oficiales conocedores del caso, refirió que esta delación enfureció a los Treviño y los llevó a que ordenaran arrasar con la localidad, en un acto de venganza que dejó decenas de civiles muertos.
