Salvador Cienfuegos fue nombrado Secretario de la Defensa Nacional por el ex Presidente Enrique Peña Nieto, cuando era el General de mayor edad.
Peña lo conoció cuando era Gobernador y Cienfuegos el Jefe de la Primera Región Militar, que comprende al Estado de México, y le encargó junto al Almirante Vidal Soberón, titular de Marina, y Miguel Ángel Osorio, la estrategia de seguridad de su Gobierno.
Conocido por su reticencia a la colaboración con EU, a diferencia de las estrechas relaciones que se tuvo en el sexenio de Felipe Calderón, Cienfuegos promovió la disminución de combates directos de militares con narcos, aunque estimuló la creación de autodefensas con apoyo castrense.
En el 2017, Cienfuegos criticó a AMLO por proponer amnistía a los criminales.
«Sería un gravísimo error el pensar en amnistiar a quienes han hecho tanto daño al País. Están dejando de lado todo el mal que le han hecho al País, cuánta gente ha muerto por su culpa, cómo es posible pensar en que se les dé una amnistía», dijo en diciembre del 2017.
