El ex subsecretario de Sedesol, Ernesto Nemer Álvarez, actual Secretario de Gobierno del Estado de México, también fue implicado en la operación de los desvíos millonarios mediante la denominada «Estafa Maestra», en el Gobierno de Enrique Peña Nieto.
Según declaraciones de testigos colaboradores ante la Fiscalía General de la República (FGR), Nemer operó junto con la ex titular de Sedesol, Rosario Robles, y el ex Oficial Mayor, Emilio Zebadúa, algunos convenios, en especial con la Universidad Autónoma del Estado de México (UAEM).
La FGR investiga actualmente a varios ex Gobernadores priistas, entre ellos a Eruviel Ávila, con quien Ernesto Nemer colaboró también como Secretario de Gobierno, antes de ser nombrado subsecretario de Sedesol, con Rosario Robles.
Según los testimonios a los que tuvo acceso REFORMA, Nemer era parte de un equipo especial que buscaba esconder y desvirtuar las observaciones y señalamientos detectados por la Auditoría Superior de la Federación, cuando surgieron los primeros indicios de la Estafa.
Entre los testigos contra Nemer se encuentra Marcos Salvador Ibarra, ex director de Coordinación de Delegaciones tanto en la Sedesol como en la Sedatu.
